林亚南教授长期坚持在本科教学第一线工作, 担任数学专业本科生基础课程教学，深受学生喜爱，是福建省首届“高校教学名师”。他积极参与和从事主讲课程的教学改革和建设，所主持的《高等代数》课程被评为国家精品课程。他自觉指导和帮助中青年教师提高教学水平,带头的代数学教学团队是2007年福建省教学团队。作为负责人主持国家理科基础科学研究和教学人才培养基地《数学与应用数学》本科专业建设，参与教育部高等学校特色专业《数学与应用数学》建设和福建省人才培养模式创新实验区《复合型数学人才培养的新模式》项目建设。林亚南教授科学研究成果突出，是享受国务院政府特殊津贴专家，连续主持了4项国家自然科学基金项目和5项省部级基金项目。曾获福建省2001年科学进步二等奖、教育部2006年高等学校自然科学一等奖，2002年入选福建省“千百万人才计划”，2008年获第四届高等学校教学名师奖。